W 1624 roku w Krakowie wybuchła zaraza, a ludność miasta sparaliżował strach przed utratą życia… Wtedy ówczesny kasztelan krakowski, książę Jerzy Zbaraski, zezwolił na modlitwę o ustanie moru przed znajdującym się w jego domu obrazem Matki Bożej. Po epidemii malowidło, wraz z innymi przedmiotami, przeznaczono do spalenia. Jednak w tajemnicy przed Zbaraskim płótno zabrał do swojego domu najpierw w podkrakowskich Łagiewnikach, a po kilku latach w Górnej Wsi koło Myślenic, urzędnik Marcin Grabysza.

Zaczął on wkrótce tracić wzrok, ale gdy w maju 1633 roku na obrazie pojawiły się wyglądające jak łzy Maryi krople o konsystencji olejku i przyjemnym zapachu, nagle odzyskał zdrowie.
Gdy dowiedział się o tym proboszcz myślenickiej parafii, ks. Wojciech Ofiarowicz, polecił specjalnej komisji zbadanie sprawy. Zebrane grono teologów orzekło, że miał miejsce cud. Jeszcze tego samego roku obraz uroczyście ogłoszono jako słynący cudami i przeniesiono najpierw do kościoła pw. Nawiedzenia NMP, a w 1646 roku do specjalnie w tym celu wybudowanej kaplicy przykościelnej.

Obraz Myślenickiej Pani, nazywanej też „Matką Miłościwą” lub „Matką Miłosierdzia”, to tzw. Eleusa – typ ikonograficzny przedstawiający Maryję trzymającą w ramionach swego Syna. Dzieciątko Jezus, obejmując szyję Matki, tuli się do jej policzka. Jedna z interpretacji tego wizerunku wskazuje na pełną czułości kochającą Matkę, która boleje nad przyszłą męką Syna.

Z racji wielu uzdrowień Cudowny Obraz znany był w całej Rzeczypospolitej, o czym świadczyły liczne wota pozostawiane przez pątników w myślenickim sanktuarium. Tylko do 1642 roku ks. Ofiarowicz odnotował ponad 1400 łask otrzymanych za wstawiennictwem Myślenickiej Pani.

24 sierpnia 1969 roku za zgodą Stolicy Apostolskiej kard. Karol Wojtyła dokonał koronacji obrazu. Niestety, na początku 1983 roku włamywacze ukradli korony papieskie, ale 22 czerwca tego samego roku, w 350. rocznicę powstania sanktuarium, Ojciec Święty Jan Paweł II poświęcił na krakowskich Błoniach nowe korony. Aktu ponownego ich nałożenia dokonał 8 września kard. Franciszek Macharski.